生圏システム学専攻（修士課程および博士課程）の指導教員です。入学を希望される方は、指導教員および所属研究室の研究内容をご確認のうえ、修士または博士研究の内容などについて、希望する指導教員と事前によく相談してから入学願書の提出をお願いします。
各指導教員（連携併任教員を除く）の研究内容や業績については、東京大学大学院農学生命科学研究科ウェブページの研究者の紹介（別ページへリンク）もご覧ください。
| 氏名 | 所属研究室 | 役職 |
|---|---|---|
| 宮下 直 | 生物多様性科学研究室 | 教授 |
| 瀧本 岳 | 生物多様性科学研究室 | 准教授 |
| 吉田 丈人 | 保全生態学研究室 | 教授 |
| 曽我 昌史 | 保全生態学研究室 | 准教授 |
| 大黒 俊哉 | 緑地創成学研究室 | 教授 |
| 橋本 禅 | 緑地創成学研究室 | 教授 |
| 日浦 勉 | 森圏管理学研究室 | 教授 |
| 齊藤 陽子 | 森圏管理学研究室 | 准教授 |
| 安田 仁奈 | 水域保全学研究室 | 教授 |
| 平瀬 祥太朗 | 水域保全学研究室 | 准教授 |
| 菊池 潔 | 水圏生物システム学研究室（水産実験所） | 教授 |
| 鎌田 直人 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 教授 |
| 鴨田 重裕 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 准教授 |
| 後藤 晋 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 准教授 |
| 楠本 大 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 講師 |
| 福井 大 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 講師 |
| 平尾 聡秀 | 森林圏生物機能生態学研究室（演習林） | 講師 |
| 尾張 敏章 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 教授 |
| 蔵治 光一郎 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 教授 |
| 安村 直樹 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 准教授 |
| 徳永 友花 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 特任准教授 |
| 田中 延亮 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 講師 |
| 浅野 友子 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 講師 |
| 齋藤 暖生 | 森林流域社会環境学研究室（演習林） | 講師 |
| 本多 親子 | 耕地生圏生態学研究室（生態調和農学機構） | 准教授 |
| 森 章 | 専攻兼担（東京大学先端科学技術研究センター） | 教授 |
| 西廣 淳 | 保全生態学研究室（国立環境研究所） | 教授 |
| 斉藤 拓也 | 森圏管理学研究室（国立環境研究所） | 教授 |
| 松崎 慎一郎 | 水域保全学研究室（国立環境研究所） | 准教授 |
| 亘 悠哉 | 生物多様性科学研究室 （森林総合研究所） | 准教授 |
| 山北 剛久 | 水域保全学研究室（海洋研究開発機構） | 准教授 |
| 佐藤 永 | 森圏管理学研究室（海洋研究開発機構） | 准教授 |
| 山道 真人 | 保全生態学研究室（国立遺伝学研究所） | 准教授 |